Ultimo aggiornamento in data 17/04/20 (vedi la sezione a fondo pagina). Se cercate articoli tematici più recenti cliccate sul tag --> covid19
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Quest'anno invece del classico bollettino influenzale ci tocca tornare ai giorni della SARS, con una minaccia arrivata da oriente.
Nota. Lo scorso autunno era apparso un articolo sulla necessità di prepararsi per future pandemie, considerate inevitabili dato il rischio zoonosi sempre più frequente e la globalizzazione del commercio, mai veloce nella storia come oggi (--> Preparing for the next pandemic influenza)
I primi indizi risalgono a dicembre con la comparsa di quello che è apparso da subito come un focolaio epidemico nei pressi della città cinese di Wuhan. I sintomi quelli di una malattia respiratoria, più seria di un comune raffreddore. Nelle settimane successive nuovi casi sono stati segnalati prima in altre città cinesi e poi in Corea del Sud, Thailandia e Giappone.
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| Il nome coronavirus viene dalla somiglianza ad una corona quando visto al microscopio elettronico. Le protrusioni sono dovute alla proteina Spike, responsabile del riconoscimento della "serratura" cellulare per indurre l'ingresso nella cellula. Il diametro della particella è circa 100 nm credit: CDC |
Il rischio che molti esperti paventano è la possibilità di una diffusione esponenziale visto che siamo alle porte delle vacanze del capodanno cinese (25 gennaio). Un momento che in Cina si associa ad un periodo di vacanza, Chunyun, noto anche come la grande migrazione visto che parliamo di centinaia di milioni di persone che tornano a casa, che inizia una settimana prima del capodanno e si protrae per quasi un mese.
L'epicentro, Wuhan, non è casuale in quanto sede di un grosso mercato di animali, quindi un luogo ideale dove gettare le basi per una zoonosi (vedi nota a fondo pagina per dettagli).
Se volete dare uno sguardo al tipo di mercato in cui è nato tutto vi rimando all'articolo pubblicato dal The Sun --> https://www.thesun.co.uk/... (mercati del genere sono molto comuni in Cina, visti di persona)
Le autorità sanitarie locali, dopo una prima minimizzazione (chissà come, ma questa cortina fumogena di casa cinese non mi stupisce --> le notizie più censurate in Cina) sono entrate in fibrillazione anche per la pressione montante di OMS e paesi confinanti a fornire informazioni. Due finora le notizie certe, una cattiva e una buona:
- la cattiva è duplice perché siamo già nella fase di trasmissione tra esseri umani (il salto interspecie del virus è avvenuto) e nell'ultima settimana si ha notizia di operatori sanitari infettatisi. Quando questo avviene vuol dire che il virus è più contagioso del previsto.
- Quella buona è che la sua virulenza è inferiore a quella della SARS (vedi sotto).
Il numero di persone ammalatesi è ora nella fase di crescita esponenziale, raddoppiati nel giro di pochi giorni (vedi fondo pagina per i dati aggiornati)
Il commento di Anthony Fauci (direttore del NIAID) all'inizio di febbraio
Parafrasando Tolstoj, le pandemia sono portatrici di infelicità non uguali a tra loro. La principale differenza è nella virulenza e in particolare nel tasso di mortalità tra gli infettati (CFR). Il valore di CFR è difficilmente stimabile durante la fase epidemica perché l'unico numero utilizzabile a denominatore è riferito ai soggetti testati per la presenza del virus che sono in genere le persone sintomatiche o chi è stato a diretto contatto con esse; per cui si tratta di un valore sovrastimato perché manca gran parte degli asintomatici.
I valori oggi disponibili indicano che la pandemia (dichiarata tale dal OMS in data 11 marzo) è di grado 5, come fu la SARS che tuttavia, pur nettamente più letale, ebbe una distribuzione globale nettamente inferiore.
Il commento di Anthony Fauci (direttore del NIAID) all'inizio di febbraio
"It's very, very transmissible, and it almost certainly is going to be a pandemic. But will it be catastrophic? I don't know."Cosa implica la dichiarazione di pandemia? --> STATNEWS - Understanding pandemics
Parafrasando Tolstoj, le pandemia sono portatrici di infelicità non uguali a tra loro. La principale differenza è nella virulenza e in particolare nel tasso di mortalità tra gli infettati (CFR). Il valore di CFR è difficilmente stimabile durante la fase epidemica perché l'unico numero utilizzabile a denominatore è riferito ai soggetti testati per la presenza del virus che sono in genere le persone sintomatiche o chi è stato a diretto contatto con esse; per cui si tratta di un valore sovrastimato perché manca gran parte degli asintomatici.
I valori oggi disponibili indicano che la pandemia (dichiarata tale dal OMS in data 11 marzo) è di grado 5, come fu la SARS che tuttavia, pur nettamente più letale, ebbe una distribuzione globale nettamente inferiore.
Cronistoria
Il virus, 2019-nCoV, appartiene alla famiglia dei coronavirus, la stessa che causò la grave sindrome respiratoria acuta (SARS) che uccise qualche centinaia di persone tra il 2002 e il 2003.
Il virus, 2019-nCoV, appartiene alla famiglia dei coronavirus, la stessa che causò la grave sindrome respiratoria acuta (SARS) che uccise qualche centinaia di persone tra il 2002 e il 2003.
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| La famiglia dei coronavirus delineata ai tempi dell'epidemia SARS. Il virus attuale responsabile del COVID19 appartiene ai beta-CoV B ed è stato chiamato SARS-CoV 2. |
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| La parte inferiore della figura mostra la classificazione del virus responsabile del Covid19 (image credit: Nature 2021) |
L'aumento del numero di casi suggerisce che il virus stia seguendo la migrazione vacanziera dei cinesi verso casa e che si sia adattato (attraverso mutazioni) al nuovo ospite umano.
Tutto questo nonostante il mercato sia stato chiuso già il 1° gennaio. Alcuni dei nuovi casi sono a carico di persone che pur vivendo a Wuhan non erano nemmeno transitate in quel mercato per cui sono da afferire ad infezioni uomo-uomo "di prima generazione". I casi rilevanti in luoghi molto distanti dal mercato fanno invece probabilmente parte di una seconda generazione di virus sempre più adattati all'ospite umano.
Attraverso simulazioni al computer, i ricercatori dell'Imperial College di Londra prevedono che il numero di infetti sia intorno a 1700. Gli aeroporti di USA, Corea e Giappone hanno attivato procedure di screening per tutti i passeggeri provenienti dalla zona epicentro.
Come detto, la buona notizia è che il virus manca della virulenza della SARS e sono gli stessi numeri dei decessi a fornire il dato: 3 morti ogni 200 persone contro il 15% di mortalità legato alla SARS (percentuale che saliva a sopra il 50% negli over-60). La buona notizia non deve però fare tirare un sospiro di sollievo perché il virus potrebbe mutare in forme più facilmente trasmessibili e/o più virulenti (il tutto semplicemente grazie alla selezione naturale).
Ad oggi gli scienziati hanno sequenziato il genoma prelevato da 6 soggetti non correlati, un processo chiave per monitorare l'evoluzione del virus.
Fondamentale è però che che la Cina identifichi la fonte animale del virus, il serbatoio naturale, in modo che possano essere adottate misure adeguate per limitarne la diffusione alla radice.
Un articolo appena apparso sulla rivista Medical Virology sembra indicare nei serpenti il serbatoio naturale del virus. Fenomeno già osservato per il virus dell'encefalite equina orientale (--> Il virus letale per uomo e cavalli sverna nei serpenti). Se vi state chiedendo cosa ci facessero i serpenti in un mercato, vuol dire che non avete mai visto un mercato cinese. Nel mercato di Wuhan tra i prodotti disponibili vi erano anche pipistrelli, uccelli, ricci e marmotte (oltre al bestiame alimentare "classico"). Lo studio lascia scettici molti altri ricercatori secondo i quali non ci sono evidenze che i coronavirus siano in grado di infettare altri animali oltre a mammiferi e uccelli. La caccia continua.
La mancanza di informazioni è pericolosa, ha stigmatizzato l'OMS: la Cina deve condividere informazioni più appropriate e al più presto perché la malattia non è più confinata all'interno del paese.
I virus non conoscono confini e possono migrare all'altro capo del mondo in meno di 12 ore.
Fonti
Determinare se un soggetto con problemi di tipo influenzale è positivo al SARS-CoV2 è di fondamentale importanza sia per le terapie che per il contenimento del virus. Di seguito la probabilità di rilevamento del virus a seconda del tipo di campione analizzato, dal tempo trascorso dall'infezione e dall'essere l'individuo, sintomatico o asintomatico.
L'aggravamento delle condizioni del paziente e' quasi sempre conseguenza di un eccesso di risposta infiammatoria.
Non è stato il pangolino. Il piccolo mammifero – indicato come il possibile indiziato numero uno – è stato scagionato dall’accusa di essere l’animale che ha trasmesso all’uomo il Sars-Cov2.
L'untore, inconsapevole, è il pipistrello ma non quelli allo stato brado (come avvenuto nel caso di ebola) ma quelli maneggiati nei famigerati wet-market cinesi dove si espongono animali vivi che vengono macellati solo quando arriva una ordinazione.
Fonti
- New virus surging in Asia rattles scientists
Nature / news
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I punti salienti dell'epidemia in atto in un breve video di Nature
Se non vedi il video --> youtube.com
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| credit: Sethuraman et al. (JAMA) |
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| La centralità dell'infiammazione nella prognosi e' evidente anche dagli alti livelli di IL-6 nei pazienti che si correla ad un loro maggior rischio di peggioramento nei giorni successivi (image credit to the original article). |
*** AGGIORNAMENTI ***
Ultimo aggiornamento 17/04/20 ... il resto è ben noto a tutti
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Non è stato il pangolino. Il piccolo mammifero – indicato come il possibile indiziato numero uno – è stato scagionato dall’accusa di essere l’animale che ha trasmesso all’uomo il Sars-Cov2.
L'untore, inconsapevole, è il pipistrello ma non quelli allo stato brado (come avvenuto nel caso di ebola) ma quelli maneggiati nei famigerati wet-market cinesi dove si espongono animali vivi che vengono macellati solo quando arriva una ordinazione.
Una procedura frutto sia del retaggio culturale che della locale assenza di corrente elettrica che impedisce la conservazione della carne in celle refrigerate.
Uno di questi animali avrebbe ospitato una variante (evento assolutamente normale in natura) di un coronavirus endemico nella popolazione, per puro caso sufficientemente compatibile con i recettori umani da permettere l'entrata nella cellula e da li la replicazione. Una volta generata la progenie virale la trasmissione sarebbe avvenuta per via umana, attraverso le goccioline di espirato (ad esempio starnuti, colpi di tosse). In assenza di tale mutazione, anche un virus potenzialmente capace di usare il macchinario cellulare umano non avrebbe potuto entrare nella cellula (chiave e serratura non combaciavano). Questo spiega il bersaglio della mutazione "critica" avvenuta sulle cosiddette spike, strutture proteiche sulla superficie virale importanti per la penetrazione nelle cellule, un evento che oggi viene fatto risalire ad un periodo tra il 20 e il 25 novembre.
Nello specifico sarebbero state 3 le mutazioni del virus necessarie per renderlo adatto all'infezione, riproduzione e trasmissione in un ospite umano; di queste quella sulle spike è stata quella decisiva.
Il 31 gennaio il numero di casi ha superato quelli della SARS. La notizia buona è che il tasso di letalità è chiaramente inferiore. La notizia cattiva è che i numeri della SARS sono stati raggiunti quando l'epidemia era a plateau e nell'arco di 2 mesi dal primo caso mentre i numeri odierni sono stati raggiunti in una decina di giorni e siamo ben lontani dal vedere un qualsiasi trend di fase stazionaria
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| 31/01/20 |
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| 27/02/20 |
credit: thesun.co.uk
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| Grafico comparativo tra i vari virus "umani" per quanto riguarda contagiosità e letalità (credit:NYT) |
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Reports redatti dall'Imperial College London
- Report --> .pdf
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Il tasso di mortalità per anagrafe e sesso fornito dall'Istituto Superiore di Sanità:
(sito)
(PDF)
Tasso di mortalità comparativo tra i diversi paesi (sui numeri cinesi ci credo zero)
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| Credit: Financial Times & John Hopkins |
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In data 11/03/20 l'OMS dichiara lo stato di pandemia
Negli stessi giorni il governo italiano dichiara il lockdown di tutti i servizi non essenziali e il divieto di circolazione
In data 13/03/20 la Spagna dichiara lo stato di emergenza nazionale. Di li a qualche settimana l'Europa occidentale prima e gli USA seguiranno con procedure simili anche se declinate in modo diverso a seconda delle strategie di contenimento adottate.
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| I casi globali poco prima che venisse dichiarato lo stato di pandemia. Credit: ECDC --> dati aggiornati |
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| Il sito della John Hopkins offre un monitoraggio in tempo reale di eccellente qualità |
Mentre in Cina si è raggiunto un plateau e azzeramento nuovi casi, nel resto del mondo la crescita è nella fase esponenziale
Altro studio degno di menzione quello condotto sui bambini infettati (una percentuale molto inferiore ad altre fasce di età, probabilmente per la loro minore espressione di recettore ACE2 e in una tendenza del sistema immunitario, con poca esperienza, nel non dare luogo a risposte eccessive). Sebbene la maggior parte sviluppa sintomi lievi o moderati, una piccola percentuale - specialmente bambini e bambini in età prescolare - può ammalarsi gravemente. I dati sono stati ricavati dall'analisi degli oltre 2 mila bambini infettati e malati osservati in Cina. Anche il "vecchio" Sars-CoV usava ACE2 come punto di ingresso ma con efficienza 2-3 volte inferiore al Sars-CoV-2 che ha acquisito mutazioni critiche nella proteina Spike.
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| Credit: Financial Times & John Hopkins |
Il virus potrebbe sopravvivere nell'aria piu a lungo del previsto
Il dato viene da un articolo apparso sul NEJM di aprile.
Nello specifico i ricercatori hanno osservato che quando il virus si trova sospeso come aerosol (goccioline di dimensioni inferiori a cinque micrometri) può rimanere in aria per circa 30 minuti, prima di depositarsi su superfici dove potrebbe rimanere vivo (nel caso di un virus vuol dire, capace di infettare una cellula) per ore. La scoperta è interessante in quanto va contro quanto finora sostenuto dal OMS secondo cui il virus è trasmesso unicamente per contatto immediato delle goccioline espulse da una persona infetta.
Il dato viene da un articolo apparso sul NEJM di aprile.
Nello specifico i ricercatori hanno osservato che quando il virus si trova sospeso come aerosol (goccioline di dimensioni inferiori a cinque micrometri) può rimanere in aria per circa 30 minuti, prima di depositarsi su superfici dove potrebbe rimanere vivo (nel caso di un virus vuol dire, capace di infettare una cellula) per ore. La scoperta è interessante in quanto va contro quanto finora sostenuto dal OMS secondo cui il virus è trasmesso unicamente per contatto immediato delle goccioline espulse da una persona infetta.
Lo studio suggerisce inoltre che il virus può sopravvivere fino a 24 ore su pacchi di cartone, sebbene si disintegri nel corso di una giornata - il che significa che i pacchi che riceviamo con gli ordini online o la semplice corrispondenza dovrebbero avere un rischio di infezione del tutto trascurabile a meno che il corriere non ci abbia tossito sopra proprio prima della consegna (per chi fa ordini mediante i riders il rischio aumenta per la semplice ragione che il tempo tra ordine, impacchettamento e consegna è inferiore all'ora).
Altro studio degno di menzione quello condotto sui bambini infettati (una percentuale molto inferiore ad altre fasce di età, probabilmente per la loro minore espressione di recettore ACE2 e in una tendenza del sistema immunitario, con poca esperienza, nel non dare luogo a risposte eccessive). Sebbene la maggior parte sviluppa sintomi lievi o moderati, una piccola percentuale - specialmente bambini e bambini in età prescolare - può ammalarsi gravemente. I dati sono stati ricavati dall'analisi degli oltre 2 mila bambini infettati e malati osservati in Cina. Anche il "vecchio" Sars-CoV usava ACE2 come punto di ingresso ma con efficienza 2-3 volte inferiore al Sars-CoV-2 che ha acquisito mutazioni critiche nella proteina Spike.
Articolo successivo sul tema --> Come passare da 1 infetto a 20 mila in pochi mesi.
Aprile 2021. Il risultato dell'indagine del OMS sulla catena di eventi che ha generato la pandemia --> Articolo 1 e --> Articolo 2.
*** Note ***
Cosa succede se il virus cambia ospite (zoonosi)Quando un virus, ospite naturale di una data specie, viene in contatto con un altro organismo più o meno imparentato (un mammifero o magari più in generale un vertebrato) l'esito è quasi sempre nullo perché il potenziale nuovo ospite non ha tutti i requisiti perché si compia il ciclo riproduttivo del virus: manca dei recettori cellulari adatti, della capacità del virus di usare quel particolare macchinario cellulare per riprodursi o entrambi. Questa la ragione per cui il nostro cane non si prende il raffreddore quando lo abbiamo noi e noi non ci ammaliamo di cimurro (virus simile a quello del morbillo) quando un canide ne è affetto.In alcuni casi l'ospite è solo parzialmente permissivo e l'infezione evolve in modo molto blando, spesso anche asintomatico visto che il sistema immunitario ha subito la meglio sul virus poco "adatto". L'esempio è quello del vaiolo bovino (che negli umani provoca solo leggere lesioni) usato da Jenner a metà '800 per immunizzare gli umani dal ben più terribile virus del vaiolo umano.Abbiamo poi un terzo caso in cui un virus a seguito della combinazione tra contatti ripetuti con un nuovo ospite e la parziale permissività di questo, diventa capace grazie a mutazioni spontanee di dare luogo ad un ciclo infettivo completo nel nuovo ospite. In questi casi l'impatto è quasi sempre potente perché, usando un paragone pugilistico, ci si trova in una situazione da 1-2 con KO finale: l'ospite è impreparato immunitariamente a sviluppare una risposta efficace in breve tempo; il virus non si è ancora adattato all'ospite per cui l'infezione è senza freni (ricordo che da un punto di vista evolutivo, quindi selettivo, il miglior virus (leggasi di successo) è quello che non uccide il proprio ospite perché con esso elimina anche il proprio incubatore).A quest'ultimo caso appartiene HIV, Ebola e l'aviaria tutti casi di virus presenti da sempre nell'ospite naturale (scimmie, pipistrelli e polli, rispettivamente) con patologie lievi o asintomatiche nella specie originale ma quasi sempre letali nella nuova specie.
Uno dei parametri fondamentali per comprendere la capacità di una infezione di dilagare viene dal parametro R0 (per ulteriori informazioni vi rimando ad un precedente articolo --> morbillo)
Per curiosità sul mondo dei virus --> Virus: quasi-organismi sub-microscopici.
Articoli su zoonosi precedenti per capire l'epidemia coronavirus odierna
Ebola → bit.ly/38NUrMZ
Zika → bit.ly/2tPKwI2
Nipah → bit.ly/2GsEyzt
Febbre gialla → bit.ly/2GzZjsM
HIV → bit.ly/2U4yO6N
Hantavirus → bit.ly/38LTvZp
Influenza → bit.ly/37Alr25
Morbillo → bit.ly/312BGCJ
Rabbia → bit.ly/2vwzhVl
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| Mappa dei microbi "problematici" a livello globale (credit: thesun.co.uk) |
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